Medico anatomista nato Pomarance (Pisa) nel 1752, si laureò in Filosofia e Medicina nel 1778, approfondì gli studi scientifici a Siena
Nel 1798 divenne presidente dell'Accademia dei Fisiocritici di Siena.
Con l’arrivo di Napoleone in Toscana divenne giacobino.
Durante la Restaurazione questo gli causò sette mesi di prigionia e poi l'essere sorvegliato speciale per le sue idee politiche.
Il Re d’Etruria ruppe con un motu proprio la detenzione del Mascagni (22 ottobre 1801) nominandolo professore di Anatomia all'Università di Pisa.
Nel contempo ebbe l’obbligo a tenere due volte la settimana lezioni a Firenze, presso l'Arcispedale di Santa Maria Nuova.
Fu poi Professore Ordinario presso l'Ateneo di Firenze.
Studiò soprattutto i vasi linfatici scrivendo, nel 1787su di essi l'opera "Vasorum lymphaticorum corporis humani historia et iconographia" considerata per decenni testo fondamentale.
Scrisse anche: "Prodromo della grande anatomia" (1821) e "Anatomicae universae iconae" (1823)
Morì a Castelletto presso Chiusdino (Siena) il 19 ottobre 1815.
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